Att ta ut belastning från ett av två seriekopplade batterier som har gemensam laddning ska alltid undvikas och orsaken är att strömmen som tas ut ska tillbaka på något sätt till det "urladdade" batteriet. Den strömmen måste gå genom det andra batteriet för att komma fram vilket medför att det kommer överladdas med förhöjd spänning och kokning som följd. I och med att spänningen stiger på det batteriet kommer det urladdade batteriet inte få full spänning och därför kommer det aldrig bli helt fulladdat igen. Givetvis blir effekten större ju högre snedbelastningen är men du kan lätt hålla koll på hur stora effekter det har på dina batterier genom att kontrollmäta då och då när du är ute och kör. (Jag pratar framförallt på långturer.) Exakt samma spänning lär du inte få på dem men håll koll på om de börjar driva isär. Gör de inte det har du i praktiken inga problem.
För att minimera effekterna anser jag att du gör helt rätt som åtgärdar det genom att ladda dem separat när du kommer åt "landström" igen.
En liten kommentar ang vinterläge på laddarna. Jag hoppas inte det innebär att de matar ut högre spänning i vinterläge för det kommer koka sönder dina batterier ganska fort. Det är nämligen som så att även 14,4V kommer skada ett blybatteri om det ska vara påkopplat under längre tid så jag antar att spänningen sänks i det läget. Stationära blybatterier, som alltid har laddare inkopplad, brukar laddas med 13.4V för ett 12V batteri. (2,23V/cell) Anledningen till att det är högre laddspänning i bilar är, enkelt uttryckt, att batteriet ska hinna laddas upp mellan starterna.